Уход Джеймса, герцога Йоркского, и лорда Сэндвича с командных постов оставил принца Руперта единственным начальником Британского флота. Для кампании 1666 г. в помощь ему был назначен Джордж Монк, герцог Олбемарл. Прежде всего, Руперт повторил обращение Джеймса «по укреплению инициативы капитанов и командиров брандеров». Вместе с Олбемарлом он издал «Инструкцию по лучшему кораблевождению Флота Его Величества». Это было по существу повторением инструкций по кораблевождению 1653 г. времен Республики с дополнительными статьями для концевых кораблей, а также по плаванию днем и ночью.

   В то время принц Руперт выдал дополнительную боевую инструкцию вице-адмиралу Синего флага Спрэггу, получившему этот пост на четвертый день четырехдневного сражения (1—4 июня) после смерти сэра Уильяма Беркли (Berkeley). Вторая статья инструкции гласила: «Все наилучшие корабли стараются сражаться с противником так, чтобы и конечные корабли подоспели вовремя. Когда же вражеские корабли будут задержаны, наши корабли должны принять наилучший строй». Инструкция, естественно, отражала полученный боевой опыт, но Джулиан Корбетт, по-видимому, ошибочно считал, что статья 2 на целое столетие опередила инструкции времен Нельсона о том, как заставить не желающего вести бой противника принять его. Аналогия не верна, поскольку и обстоятельства были разными. Флот Руперта не был однородным; многие его корабли были все еще нанятые торговые суда. Остальные же были весьма посредственными ходоками, плохой или устаревшей конструкции. Слабые ходоки отставали. Даже Нельсон не рискнул бы опрометчиво атаковать де Ройтера.

   Первые три дня сражения Олбемарл, имея 54 корабля в линии, вел неравный бой в устье реки Темзы против голландского флота, состоящего из 84 кораблей под командованием Ройтера с Корнелисом Эвертсеном (Evertsen) старшим и Корнелисом Тромпом в качестве своих вице-адмиралов. Тем временем принц Руперт, взявший 20 из своих лучших кораблей, в западной части Канала сражался с французской эскадрой и не участвовал в основном сражении вплоть до его четвертого, то есть последнего, дня.

   Второй день боя проходил в виде взаимных прохождений двух линий до тех пор, пока концевые корабли обоих противников не вышли на траверз друг другу и не легли на обратный галс. Отряд Тромпа оказался отрезанным, и де Ройтер вернулся, чтобы оказать ему помощь. Казалось, тут англичане могли воспользоваться своим преимуществом. Однако английские корабли получили значительные повреждения, а голландцы превосходили их числом, и тогда Олбемарл предпочел выйти из боя. Третий день был потрачен англичанами на медленный отход в устье Темзы и на прикрытие своих поврежденных кораблей в формации, названной «строем отступления». Корабль Royal Prince, построенный Финиасом Петтом (Pert) для короля Якова I, сел на мель и был захвачен и сожжен голландцами. В этот вечер Руперт соединился с Олбемарлом, и было решено, что на следующий день Олбемарл возглавит авангард. Теперь противоборствующие флоты имели почти равную силу, и после 12-часового сражения вечерний туман заставил их разойтись.

   Несмотря на способности де Ройтера и превосходство, которое голландцы имели в первые три дня сражения, они все-таки никоим образом не добились сокрушительной победы. Англичане потеряли 10, а голландцы — 4 корабля. Обе стороны израсходовали 6 и 5 брандеров соответственно.

   После того как англичане отремонтировали свои корабли, их начальники были озабочены своей будущей тактикой. Управление столь многочисленным и неоднородным флотом представляло большие проблемы, поскольку на флоте не проводили предварительных учений. Кроме того, отдельные эскадры и даже отряды кораблей флаг-офицеров пользовались довольно большой независимостью. Это было бы ценным, если бы опиралось на твердый, пусть даже сложный контроль над дисциплиной. Но это превращалось попросту в анархию как следствие пусть и идеальных, но далеких от реальности инструкций, которые никогда не могут быть использованы.

   18 июля 1666 г., всего за неделю до события, названного «Сражением в День святого Джеймса» (25 июля), Руперт и Олбемарл издали свои «Дальнейшие боевые инструкции». Они начинались словами: «Держать противника с подветра». Далее: «В случае, если мы находимся под ветром у противника и мы выстроились друг против друга, то авангард нашего флота должен привести к ветру, и когда его корабли окажутся на удобном расстоянии от конечных кораблей противника, то он должен задержаться до тех пор, пока вся наша линия не придет на то же расстояние от авангарда противника. И тогда вся наша линия окажется вдоль линии противника, удерживая его под ветром».
Можно считать, что эта статья освобождала флагманов от обычного прохождения вражеской линии, заботясь лишь о том, чтобы начать бой, как только линии противников станут почти параллельными, что дает возможность сравняться по числу сражающихся кораблей. Джеймс попытался выполнить этот маневр в сражении при Лоустофте днём раньше, но задержался с отдачей необходимого приказа и упустил возможность. Но и инструкция Руперта и Олберла не содержала нужного для такого маневра приказа.

   Хотя назначение статьи вполне понятно, но фраза: «В том случае, когда противник начнет ложиться на обратный галс, то командир нашего авангарда должен ложиться на тот же галс первым» — вызывает определенные трудности в понимании. Что она означает, особенно если ничего специально в ней не говорится о том, что должен делать английский авангард? В инструкции Джеймса 1672 г. это уточнено: «В случае, если противник ложится на обратный галс первым, то первым во Флоте Его Величества на обратный галс ложится командир арьергарда».

   С точки зрения историка, эта статья инструкции считается наиболее важной в английском флоте за весь XVII век за исключением статей о формировании кильватерной колонны . Статья многократно повторялась и наконец была включена под номером 17 в инструкции по кораблевождению и бою. Статья имела хождение более чем 100 лет, как единственная положительная, так и обязательная адмирала, вступающего в бой при определенных обстоятельствах. Если ее трактовать строго, то она означает, что при означенных обстоятельствах адмирал не имеет тактического выбора за исключением того, что должен уловить подходящий момент для подъема сигнала своему флоту лечь на тот же галс, что и противник. Вторая статья «Чтобы разделить вражеский флот» гласит: «Когда противник находится с наветра от нас и мы имеем достаточно пространства для маневра, то мы должны привести как возможно к ветру и держаться на этом курсе, пока не усмотрим возможности разделить флот неприятеля. А если авангард нашего флота увидит, что может следовать в кильватер параллельно любой части строя противника, он должен лечь на этот курс, держаться на нем и стараться разделить строй противника. Та эскадра, которая первой прорежет вражеский строй и пройдет на другую его сторону, должна провернуть так, чтобы лечь на первоначальный курс параллельно линии противника. Следующая эскадра должна держаться той определенной части строя противника, спустившись на нее по ветру, или постараться удержать ту его часть, которая находится на ветру».

   Происхождение этой инструкции понять не трудно. Принц Руперт показал блестящий образец такого маневра в «Четырехдневном сражении».

   Корбетт считает, что «принцип разделения» был провозглашен впервые. Это можно сравнить с известным Меморандумом Нельсона.

   Под термином «разделение» Нельсон понимал использование части своего флота («отряд сдерживания») для блокирования оставшейся части вражеского флота, в то время как главные силы англичан нападают и уничтожают ядро флота противника.

   Этот маневр предполагал очень близкий боевой контакт отряда оживания с отделенной частью флота противника и воспрепятствование (предположительно — авангард) большей части флота противника оказать ему помощь.

   Корбетт пишет: «Новые инструкции, по-видимому, скорее предлагали способ выиграть ветер, нежели концентрацию своих сил, причем инициатива осуществления маневра предоставлена на усмотрение вещего флаг-офицера, а не главнокомандующего». Действительно, в тогдашних обстоятельствах «генерал имеет мало возможности контролировать громадный флот, в котором флаг-офицеры отрядов действуют, как герои Гомера. Они ведут свои собственные бои на расстояниях вне видимости сигналов с корабля главнокомандующего, находящегося на расстоянии пяти или шести миль от себя».

   Корбетт считает, что идея разделения флота противника связана со свободным маневром, а не с совместным движением для ближнего боя общей свалки, как это понималось позже.

   Весьма трудно получить определенное представление о тактических маневрах во время сражения в День святого Джеймса 25 июля 1666 г. В самом начале передовой и центральные отряды английского аванса (Белой эскадры) начали выявлять превосходство своего огня над кораблями голландского авангарда. Это преимущество так и не было утеряно. Англичане продолжали атаковать голландцев и к вечеру одержали полную победу при том, что в начале сражения оба флота были приблизительно равной силы. Адмирал Томас Оллин — командир английского авангарда — так вспоминал это сражение: «Люди нашего авангарда очень неловко строили линию баталии, а некоторые, как, например, капитаны Дей (Dey), Сэклэр (Sackler) и некоторые другие, и вовсе в нее не вступили, несмотря на строжайшее запрещение, вели огонь через некоторые свои корабли. Мы начали сражение между девятью и десятью часами утра. Против нас было два голландских вице-адмирала, имевших примерно на пять кораблей больше, чем командующий адмирал, затем шесть кораблей с вице-адмиралом, а также другой адмирал Томас Теддеман (Teddeman) (вице-адмирал Белой головной эскадры). Мы сражались храбро, но St. George и Anne не участвовали в бою, Old James лишь немного, а Richard и Martha ушли от нас. Отряд вице-адмирала из головной эскадры помог нам немногим».

до сражения      сражение      после сражения

   По завершении кампании, когда флот стал на зимнюю стоянку, Джеймс издал инструкцию по плаванию, датированную 16 ноября 1666 г. Она слово в слово повторяла двадцать одну статью инструкций Республики (лишь слово «генерал» заменено на «адмирал»).

   Впрочем, добавлены четыре новые статьи о маневрировании и корабельных якорных цепях. Эти инструкции были переизданы за подписями Метью Рена (Wren) между 1667-м и весной 1672 г. (скорее всего, в ходе подготовки к Третьей англо-голландской войне, т. е. в начале 1672 г.). Они сопровождались восемью «дополнительными инструкциями по мореплаванию» вместе с «инструкциями для шкиперов и лоцманов кечей, каботажных судов и смаков (одномачтовых рыболовных судов)», подписанными Джеймсом и визированными Реном. В них описаны сигналы при маневрировании в тумане, пять сигналов о выделении отрядов или отдельных кораблей для преследования неизвестных судов. Была еще и общая инструкция находящимся в море малым судам становиться на якорь с наветренной стороны от корабля адмирала. По окончании войны были изданы новые инструкции по мореплаванию, в которых прежние инструкции времен Республики 1653 г. были сокращены до 14 статей.